茶尺蠖小RNA病毒5’端非编码区的克隆和测序及与哺乳动物小RNA病毒的比较分析
发表于：2025-01-23 作者：茶香楼
编辑最后更新 2025年01月23日，用Trizol从纯化的茶尺蠖Ectropis oblique小RNA病毒(EoPV)中提取病毒基因组RNA，逆转录后加poly(dT)，然后进行两步PCR扩增基因组5'端。克隆测序后，对其5'端非编码
用Trizol从纯化的茶尺蠖Ectropis oblique小RNA病毒(EoPV)中提取病毒基因组RNA，逆转录后加poly(dT)，然后进行两步PCR扩增基因组5'端。克隆测序后，对其5'端非编码区的核苷酸序列进行分析，发现具有哺乳动物小RNA病毒的5'端非编码区的一些特征：A／T含量丰富、起始密码子上游AUG和小顺反子多。利用mfold预测了EoPV5'端非编码区的二级结构，存在4个茎环结构，有哺乳动物内部核糖体进入位点(IRES)的保守区域，即含保守基序GNRA的茎环A和A／C丰富的环B及多聚嘧啶区域。据此推测EoPV基因组翻译采用IRES起始机制。
完成机构：武汉大学生命科学学院，武汉430072
病毒
编码
基因
基因组
哺乳动物
动物
哺乳
区域
结构
武汉
起始
尺蠖
分析
位点
含量
嘧啶
大学
学院
密码
密码子
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