茶树EST-SSRs分布特征及引物开发
发表于:2024-12-24 作者:茶香楼
编辑最后更新 2024年12月24日,为了在茶树中开发EST-SSRs功能性标记,利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288奈茶树(Camellia subebsus)ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列,得到非冗余
为了在茶树中开发EST-SSRs功能性标记,利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288奈茶树(Camellia subebsus)ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列,得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有385条,共486个EST-SSRs,平均相隔2.10kb出现1个SSR。在2~6bp的重复基元中,二核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(51.97%),其次是三核苷酸(19.55%)。对所有的重复基元类型进行统计分析发现,所占比例最高的是AG/CT(47.74%),其次分别是AT/TA(4.73%)和AAG/CTT(4.73%)。利用Prime5软件,设计了206对EST-SSRs引物,随机选用72对引物进行SSR扩增,发现31对引物可以扩增出条带,其中29对引物具有多态性,多态性比率为93.5%。这些EST-SSRs将有助于茶树基因组学方面的研究。
完成机构:[1]中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,杭州310008 [2]南京农业大学,南京210095
序列
引物
茶树
冗余
多态
最高
农业
多态性
核苷酸
南京
分析
研究
特征
开发
不同
信息
功能
功能性
国家
基因
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