茶树EST资源中SSR的信息分析
发表于：2025-01-23 作者：茶香楼
编辑最后更新 2025年01月23日，从NCBI公共数据库下载获得1989条茶树EST，去除其中的低质量的和冗余的序列，得到全长为734．54kb的1589条无冗余EST。共在这些序列中发掘出了281个EST．SSR，分布于246条EST
从NCBI公共数据库下载获得1989条茶树EST，去除其中的低质量的和冗余的序列，得到全长为734．54kb的1589条无冗余EST。共在这些序列中发掘出了281个EST．SSR，分布于246条EST中，出现频率是17．68％。这些EST-SSR的平均长度为33．06bp，平均分布频率是1／2．61 kb。茶树EST-SSR中，二核苷酸重复是主要的重复类型，出现最多的重复基元类型是AG／CT重复。本研究为茶树EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础。
完成机构：[1]浙江大学原子核农业科学研究所,杭州310029 [2]中国计量学院生命科学学院,杭州310018
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